Noch während seiner Studienzeit wurde Andreas Fellner als Korrepetitor ans Anhaltische Theater Dessau engagiert. In den Jahren seither, und insbesondere mit dem Wechsel als Kapellmeister ans Theater Krefeld Mönchengladbach im Jahr 2010, und der Übernahme der Chefdirigentenstelle der Landeskapelle Eisenach im Jahr 2016, hat er sich ein breites Repertoire an Opern, Operetten, Musicals und Ballettproduktionen erarbeitet.
In den Jahren 2022 und 2023 dirigiert Andreas Fellner erstmals in München. An der Bayerischen Staatsoper leitet er die Uraufführung der Kinderoper „Spring doch“ von Gordon Kampe, und am Staatstheater am Gärtnerplatz erarbeitete er mit Jugendlichen das genreübergreifende Stück „Sherlock“