Noch während seiner Studienzeit wurde Andreas Fellner als Korrepetitor ans Anhaltische Theater Dessau engagiert. In den Jahren seither, und insbesondere mit dem Wechsel als Kapellmeister ans Theater Krefeld Mönchengladbach im Jahr 2010, und der Übernahme der Chefdirigentenstelle der Landeskapelle Eisenach im Jahr 2016, hat er sich ein breites Repertoire an Opern, Operetten, Musicals und Ballettproduktionen erarbeitet.
Im Winter 2022 dirigiert Andreas Fellner erstmals an der Bayerischen Staatsoper München. Dort leitet er die Uraufführung der Kinderoper „Spring doch“ von Gordon Kampe.